Rode draad in zijn werk is het ontwikkelen van methoden om kennis van experts (zoals artsen, verpleegkundigen, docenten) te integreren in data-analyses. Dit om met meer zekerheid uitspraken te kunnen doen dan mogelijk is op basis van data alleen. Zo kan de kennis van een docent over een leerling dan bijvoorbeeld ‘opgeteld’ worden bij een testuitslag. In zijn begeleiding van jonge onderzoekers legt Van de Schoot de nadruk op transparantie en wetenschappelijke integriteit.